CURSO PRÁCTICO: MANEJO DE SECUENCIAS GENÓMICAS EN MEJORA GENÉTICA ANIMAL  

Tipo
Curso de extensión universitaria.
Estado
Concluido.
Plazas
20
Fecha de inicio
11/06/2018
Fecha de finalización
13/06/2018
Horarios
Lunes 11 de 15 a 19 horas Martes de 9 a 19 horas Muiércoles de 9 a 17 horas

Duración
16 horas + 6 horas de trabajo individualizado del alumno
Destinatarios
Graduados relacionados con ciencia animal y de la salud. Ideal para estudiantes de Máster o Doctorandos

Créditos de libre configuracion
  • LEC:1,5
  • ECTS:1

Lugar y aulas de impartición
CRAI-TIC
Observatorio tecnológico
Tasas de matrícula
  • Ordinaria:150 €
  • Alumnos ULE:75 €
  • Alumnos de otras universidades:75 €
  • Desempleados:75 €
Objetivos

Los recientes avances en las tecnologías de secuenciación del ADN de alto rendimiento están abriendo nuevas oportunidades para el uso de la información de la secuencia genómica en la mejora genética animal. Estas tecnologías producen grandes cantidades de datos que requieren herramientas bioinformáticas apropiadas para su análisis e interpretación. Entender la aplicación de estas herramientas es esencial para que los especialistas en mejora genética puedan evaluar el potencial de estos nuevos enfoques y su posible aplicación en cada caso particular. Este curso proporcionará formación práctica básica en bioinformática utilizando ejemplos de datos reales de secuencias de animales domésticos. El objetivo es facilitar a los participantes el uso de los datos de secuenciación de sus propios proyectos o de las bases de datos públicas para su utilización en sus propios programas de investigación.



Competencias y resultados de aprendizaje

Al final del curso los participantes estarán en posición de hacerlo:

1.        Manejar grandes conjuntos de datos resultantes de tecnologías genómicas, en un entorno Linux.

2.        Identificar y explorar los recursos públicos de datos y bioinformática relevantes para los animales domésticos.

3.        Explorar datos de secuenciación de próxima generación, incluyendo anotación e identificación de variantes.

4.        Evaluar diferentes alternativas para el análisis de datos de variación y cartografía.

5.        Utilizar herramientas que les permita utilizar la variabilidad genómica en análisis ulteriores.



Programa

El curso es eminentemente práctico y el programa tiene en cuenta 2,5 días de trabajo con una duración total de 16 horas de trabajo presencial. Los aspectos a tratar serán:

1-      Trabajar en entorno Linux/Unix. Tutorial interactivo (4 horas)

·          Fundamentos de Linux

·          Gestión de archivos grandes

·          Ejecutar grandes trabajos

·          Ejecución de Linux desde su PC

2-      Bioinformática básica. Introducción: Formato de ficheros NGS. Uso de ficheros de bases de datos públicas (formato SRA).

3-      Workflow de análisis WGSeq para identificación de variantes en secuencias genómicas

·           Trabajo con ficheros SRA

·          Control de calidad (QC) de los datos brutos: Trimmomatic

·          Alineación de secuencia frente al genoma de referencia

·          Manipulación de ficheros con Samtools

·          Identificación de SNVs con GATK

·          Anotación funcional con VEP

·          Manejo de archivos vcf y utilización de la herramienta PLINK



Criterios de evaluación
Se exigirá la asistencia de al menos el 80% de las sesiones presenciales.
Entrega de los resultados de los trabajos diarios


Director/es
  • Juan José Arranz Santos. Profesor. Facultad de Veterinaria. Universidad de León.
Profesorado/Ponentes
  • Juan José Arranz Santos. Profesor. Facultad de Veterinaria. Universidad de León.

  • Cristina Esteban Blanco. Fundación Centro de Supercomputación de Castilla y León

  • Beatriz Gutiérrez Gil. Profesora. Facultad de Veterinaria. Universidad de León.

  • Aroa Suárez Vega. Profesora. Facultad de Veterinaria. Universidad de León. Universidad de León.

  • Jesús Lorenzana Campillo. Fundación Centro Supercomputación

  • Hector Marina García. Residente HVule. Universidad de León.
Departamento / Centros Implicados
Departamento de Producción Animal (Universidad de León)
SCAYLE (Centro de Computación de Castilla y León)


Entidades colaboradoras
  • Fundación Centro de Supercomputación de Castilla y León
Archivos adjuntos