• Ordinaria:150 €
• Alumnos ULE:75 €
• Alumnos de otras universidades:75 €
• Desempleados:75 €

Los recientes avances en las tecnologías de secuenciación del ADN de alto rendimiento están abriendo nuevas oportunidades para el uso de la información de la secuencia genómica en la mejora genética animal. Estas tecnologías producen grandes cantidades de datos que requieren herramientas bioinformáticas apropiadas para su análisis e interpretación. Entender la aplicación de estas herramientas es esencial para que los especialistas en mejora genética puedan evaluar el potencial de estos nuevos enfoques y su posible aplicación en cada caso particular. Este curso proporcionará formación práctica básica en bioinformática utilizando ejemplos de datos reales de secuencias de animales domésticos. El objetivo es facilitar a los participantes el uso de los datos de secuenciación de sus propios proyectos o de las bases de datos públicas para su utilización en sus propios programas de investigación.

Al final del curso los participantes estarán en posición de hacerlo:

1.        Manejar grandes conjuntos de datos resultantes de tecnologías genómicas, en un entorno Linux.

2.        Identificar y explorar los recursos públicos de datos y bioinformática relevantes para los animales domésticos.

3.        Explorar datos de secuenciación de próxima generación, incluyendo anotación e identificación de variantes.

4.        Evaluar diferentes alternativas para el análisis de datos de variación y cartografía.

5.        Utilizar herramientas que les permita utilizar la variabilidad genómica en análisis ulteriores.

El curso es eminentemente práctico y el programa tiene en cuenta 2,5 días de trabajo con una duración total de 16 horas de trabajo presencial. Los aspectos a tratar serán:

1-      Trabajar en entorno Linux/Unix. Tutorial interactivo (4 horas)

·          Fundamentos de Linux

·          Gestión de archivos grandes

·          Ejecutar grandes trabajos

·          Ejecución de Linux desde su PC

2-      Bioinformática básica. Introducción: Formato de ficheros NGS. Uso de ficheros de bases de datos públicas (formato SRA).

3-      Workflow de análisis WGSeq para identificación de variantes en secuencias genómicas

·           Trabajo con ficheros SRA

·          Control de calidad (QC) de los datos brutos: Trimmomatic

·          Alineación de secuencia frente al genoma de referencia

·          Manipulación de ficheros con Samtools

·          Identificación de SNVs con GATK

·          Anotación funcional con VEP

·          Manejo de archivos vcf y utilización de la herramienta PLINK