Curso Práctico de Iniciación al uso de la Supercomputación aplicado al Análisis de datos RNA-Seq 4 ª edición 

18/06/2018
Tipo
Curso de verano.
Estado
Concluido.
Plazas
20
Fecha de inicio
18/06/2018
Fecha de finalización
22/06/2018
Horarios
• Lunes a Jueves: De 9:00 a 14:00 y de 15:30 a 18:30 horas. • Viernes de 9:00 a 13:00 horas.

Duración
36 horas
Destinatarios
El curso está dirigido a investigadores interesados en estudios genómicos, a profesionales del sector de las Ciencias Computacionales, Biología y/o Biotecnología relacionados con el diagnóstico genético y a Alumnos Universitarios (titulaciones técnicas del ámbito experimental y/o económico) de posgrado y, en general, cualquier persona afín a la temática tanto en la dimensión de la investigación, como de la innovación y el desarrollo.

Reconocimiento de créditos
ECTS:1,8
Lugar y aulas de impartición
Edificio CRAI-TIC
Aula 105 de la 1ª planta
Tasas de matrícula
  • Ordinaria:350 €
  • Alumnos ULE:300 €
  • Alumnos de otras universidades:350 €
  • Desempleados:300 €
Observaciones a las tasas:
Los alumnos de la ULE deberán acreditar dicha condición para tener derecho a la reducción de las tasas mediante la presentación de copia del carnet universitario. Los alumnos en desempleo deberán acreditar dicha condición para tener derecho a la reducción de las tasas mediante la presentación de copia de la tarjeta del paro. El alojamiento/comidas no están incluidas dentro del precio del curso. - Sin embargo ofrecemos la posibilidad de alojamiento en el Aparthotel Exe Campus San Mames situado al lado del Campus Vegazana dónde tienen lugar las charlas del curso. Ésta es su web: http://www.execampussanmames.com .Realizar las reservas a través del e-mail: info@execampussanmames.com indicando la Referencia SCAYLE para obtener un descuento 10% (sobre la tarifa de venta) en los servicios de Alojamiento o alojamiento y desayuno, Garaje free, y Menaje incluido.
Objetivos
En este curso se proporcionará una formación básica para el manejo e interpretación de datos de expresión génica global procedentes de Next Generation Sequencing (RNA-Seq). Para ello, además de explicar las bases teóricas de la generación de los datos y del proceso de análisis, se pretende trabajar con datos reales de expresión génica en los que se realizará: el control de calidad, el alineamiento frente al genoma de referencia, ensamblado, cuantificación y normalización de la expresión génica, análisis de expresión diferencial y análisis de enriquecimiento funcional.

Competencias y resultados de aprendizaje

Competencias:

-          Capacidad de establecer un diseño experimental para el análisis de expresión génica diferencial utilizando datos del transcriptoma completo mediante técnicas NGS (RNA-Seq).

-          Manejo de software libre para el análisis de RNA-Seq.

-          Conocimiento de una pipeline de análisis de expresión diferencial en experimentos que utilizan RNA-seq.

-          Interpretación y representación de los resultados de expresión diferencial.

Resultados:

Con este curso pretendemos que los estudiantes tengan la capacidad de analizar e interpretar datos de experimentos RNA-seq. En el curso se trabajará con datos reales de expresión génica en los que se realizará: el control de calidad, el alineamiento frente al genoma de referencia, ensamblado, cuantificación y normalización de la expresión génica, análisis de expresión diferencial y análisis de enriquecimiento funcional.

Programa

18 de junio de 2018- Seminario de Introducción al uso de la supercomputación aplicado a la Bioinformática

Recepción de Alumnos y Entrega de Documentación

Inauguración del Curso

09:00 - 10:00 Introducción acceso a Caléndula - Jesús Lorenzana Campillo.

- Descripción técnica de los recursos de Supercomputación de Castilla y León (SCAYLE).


- Infraestructuras de SCAYLE.

- Configuración del superordenador de SCAYLE, Caléndula.

- Estado actual de la Supercomputación.

- Acceso remoto a Caléndula.

- Entorno de usuario: Utilización del gestor de colas y envío de trabajos.

10:00 – 11:00 Introducción al entorno Linux - Cristina Esteban Blanco.

- Carpetas y ficheros.

- Permisos.

- Comandos básicos.

- Prácticas sobre Caléndula.

11:00 - 11:20 PAUSA.

11:20 - 14:00 Introducción al entorno Linux (Continuación) - Cristina Esteban Blanco.

14:00 - 15:30 DESCANSO.

15:30 - 18:30 Introducción al entorno Linux (Continuación) - Cristina Esteban Blanco.

19 de junio de 2018

09:00 - 11:15 NGS y RNA-Seq Supercomputación - Juan José Arranz Santos.

11:15 - 11:45 PAUSA.

11:45 - 14:00 Control de Calidad y Trimming (FAstQC, otras herramientas Trimmomatic, etcF.) - Juan José Arranz Santos.

14:00 - 15:30 DESCANSO.

15:30 - 18:30 Alineamiento de lecturas (TopHat) y visualización (IGV) - Beatriz Gutiérrez Gil.

20 de junio de 2018

09:00 - 11:15 Manipulación de secuencias (SamTools) - Beatriz Gutiérrez Gil.

11:15 - 11:45 PAUSA.

11:45 - 14:00 Transcript assembly (Cufflinks) - Aroa Suárez Vega.

1 4:00 - 15:30 DESCANSO.

15:30 - 18:30 Cuantificación de lecturas (Cufflinks y HTSeq) - Aroa Suárez Vega.

21 de junio de 2018

09:00 - 11:15 Introducción a R y Bioconductor. Toma de contacto - Beatriz Rosón Burgo.

11:15 - 11:45 PAUSA.

11:45 - 14:00 Qué es el análisis de expresión diferencial: - Beatriz Rosón Burgo.

-Del microarray de Affymetrix a las secuencias de Illumina.

-Ajuste a multiple-testing: FDRs y p-valores.

-Contrastes simples y factoriales.

14:00 - 15:30 DESCANSO.

15:30 - 18:30 Análisis de expresión diferencial de RNAseq: - Beatriz Rosón Burgo.

-Programas en R: Práctica con DESeq. Nuevas posibilidades del paquete limma para RNAseq.

-Programa de cufflinks: Cuffdiff.

22 de junio de 2018

09:00 - 09:55 Introducción a las anotaciones funcionales - Beatriz Rosón Burgo.

09:55 - 10:50 Bases de datos y ontologías para anotación funcional (KEGG, GO, INTERPRO) - Beatriz Rosón Burgo.

10:50 - 11:05 PAUSA.

11:05 - 12:00 Análisis de enriquecimiento funcional (DAVID and GeneTermLinker) - Beatriz Rosón Burgo.

12:00 - 12:55 Redes funcionales (FGNet package)) - Beatriz Rosón Burgo.

12:55 - 13:00 Clausura del curso.

13:00 Visita al Superordenador Caléndula (voluntario) – Ruth Alonso Martínez.

Criterios de evaluación
Se exigirá la asistencia de al menos el 80% de las sesiones presenciales/online.

Al finalizar el curso, se llevará a cabo una prueba de carácter teórico-práctico con objeto de valorar los conocimientos adquiridos por los alumnos.

Director/es
  • Ruth Alonso Martínez. Responsable Administrativo y de Formación del Centro de Supercomputación de Castilla y León

  • Juan José Arranz Santos. Profesor. Facultad de Veterinaria. Universidad de León.
    •
Profesorado/Ponentes
  • Beatriz Gutiérrez Gil. Profesora. Facultad de Veterinaria. Universidad de León.

  • Aroa Suárez Vega. Profesora. Facultad de Veterinaria. Universidad de León. Universidad de León.

  • Beatriz Rosón Burgo. Instituto Karolinska. Estocolmo

  • Cristina Esteban Blanco. Postdoctoral Researcher, Gastrointestinal Genetics Lab, CICbioGUNE

  • Juan José Arranz Santos. Profesor. Facultad de Veterinaria. Universidad de León.

  • Ruth Alonso Martínez. Responsable Administrativo y de Formación del Centro de Supercomputación de Castilla y León
    •
Colaborador/es
  • Ruth Alonso Martínez. Responsable Administrativo y de Formación del Centro de Supercomputación de Castilla y León
    •
Departamento / Centros Implicados

Departamento de Producción Animal, Facultad de Veterinaria de León.

Supercomputación de Castilla y León (SCAYLE).

Entidades colaboradoras
  • Facultad de Veterinaria de la Universidad de León

  • Fundación Centro de Supercomputación de Castilla y León

  • Instituto de Investigación Sanitaria La Fe

  • Universidad de León

  • University of Guelph (Canadá)
    •
Archivos adjuntos