Curso práctico de Iniciación al uso de la Supercomputación aplicado al análisis de datos RNA-Seq. 5ª edición 

11/07/2022
Tipo
Curso de verano.
Estado
Concluido.
Plazas
20
Fecha de inicio
11/07/2022
Fecha de finalización
15/07/2022
Horarios
• Lunes a Jueves: de 9:00 a 14:00 y de 15:30 a 18:30 horas. • Viernes: de 9:00 a 13:00 horas.

Duración
36 horas
Destinatarios
El curso está dirigido a investigadores interesados en estudios genómicos, a profesionales del sector de las Ciencias Computacionales, Biología y/o Biotecnología relacionados con el diagnóstico genético y a Alumnos Universitarios (titulaciones técnicas del ámbito experimental y/o económico) de posgrado y, en general, cualquier persona afín a la temática tanto en la dimensión de la investigación, como de la innovación y el desarrollo.

Reconocimiento de créditos
ECTS:1,8
Lugar y aulas de impartición
CRAI-TIC
Aula de Formación de SCAYLE
Tasas de matrícula
  • Ordinaria:450 €
  • Alumnos ULE:350 €
  • Alumnos de otras universidades:450 €
  • Desempleados:350 €
Observaciones a las tasas:
El alojamiento/comidas no están incluidas dentro del precio del curso. Sin embargo, ofrecemos la posibilidad de alojamiento en el Apartahotel Exe Campus San Mames situado al lado del Campus Vegazana dónde tienen lugar las charlas del curso. - Realizar las reservas a través del e-mail: info@execampussanmames.com indicando la Referencia SCAYLE para obtener un descuento (sobre la tarifa de venta) en los servicios de alojamiento o alojamiento y desayuno, garaje free, y menaje incluido.
Objetivos

En este curso se proporcionará una formación básica para el manejo e interpretación de datos de expresión génica global procedentes de Next Generation Sequencing (RNA-Seq). Para ello, además de explicar las bases teóricas de la generación de los datos y del proceso de análisis, se pretende trabajar con datos reales de expresión génica en los que se realizará: el control de calidad, el alineamiento frente al genoma de referencia, ensamblado, cuantificación y normalización de la expresión génica, análisis de expresión diferencial y análisis de enriquecimiento funcional.

Competencias y resultados de aprendizaje

- Capacidad de establecer un diseño experimental para el análisis de expresión génica diferencial utilizando datos del transcriptoma completo mediante técnicas NGS (RNA-Seq).

- Manejo de software libre para el análisis de RNA-Seq.

- Conocimiento de una pipeline de análisis de expresión diferencial en experimentos que utilizan RNA-seq.

- Interpretación y representación de los resultados de expresión diferencial.

Programa

11 de julio de 2022

 Seminario de Introducción al uso de la supercomputación aplicado a la Bioinformática

Inauguración del Curso

09:00 - 10:00 Introducción acceso a Caléndula - Cristina Esteban Blanco.

- Descripción técnica de los recursos de Supercomputación de Castilla y León (SCAYLE).

- Infraestructuras de SCAYLE.

- Configuración del superordenador de SCAYLE, Caléndula.

- Estado actual de la Supercomputación.

- Acceso remoto a Caléndula.

- Entorno de usuario: Utilización del gestor de colas y envío de trabajos.

 10:00 - 11:00 Introducción al entorno Linux - Cristina Esteban Blanco.

- Carpetas y ficheros.

- Permisos.

- Comandos básicos

- Prácticas sobre Caléndula.

 11:00 - 11:20 PAUSA.

  11:20 -14:00 Introducción al entorno Linux (Continuación) - Cristina Esteban Blanco.

  14:00 - 15:30 DESCANSO.

  15:30 - 18:30 Introducción al entorno Linux (Continuación) - Cristina Esteban Blanco.

 12 de julio de 2022

 09:00 - 11:15 NGS y RNA-Seq Supercomputación - Juan José Arranz Santos.

11:15 - 11:45 PAUSA.

11:45 - 14:00 Control de Calidad y Trimming (FAstQC, otras herramientas Trimmomatic, etcF.) - Juan José Arranz Santos.

14:00 - 15:30 DESCANSO.

 15:30 - 18:30 Alineamiento de lecturas (Star) y visualización (IGV) - Beatriz Gutiérrez Gil.

 13 de julio de 2022

 09:00 - 11:15 Manipulación de secuencias (SamTools) - Beatriz Gutiérrez Gil.

11:15 - 11:45 PAUSA.

11:45 - 14:00 Transcript assembly (Stringtie) - Aroa Suárez Vega.

           14:00 - 15:30 DESCANSO.

Recepción de Alumnos y Entrega de Documentación

15:30 - 18:30 Cuantificación de lecturas (RSEM y HTSeq) - Aroa Suárez Vega.

14 de julio de 2022

 

09:00 - 11:15 Introducción a R y Bioconductor. Toma de contacto – Héctor Marina García

11:15 - 11:45 PAUSA.

11:45 - 14:00 Análisis de expresión diferencial de RNAseq. Introducción Aroa Suárez Vega

14:00 - 15:30 DESCANSO.

 15:30 - 18:30 Análisis de expresión diferencial de RNAseq: - Aroa Suárez Vega

-Programas en R: Práctica con DESeq2.

 15 de julio de 2022

 09:00 - 09:55 Introducción a las anotaciones funcionales - Juan José Gutiérrez González

09:55 - 10:50 Bases de datos y ontologías para anotación funcional (KEGG, GO, INTERPRO) - Juan José Gutiérrez González

10:50 - 11:05 PAUSA.

11:05 - 12:00 Análisis de enriquecimiento funcional. - Juan José Gutiérrez González

12:00 - 12:55 Redes funcionales - Juan José Gutiérrez González

12:55 - 13:00 Clausura del curso.

13:00 Visita al Superordenador Caléndula (voluntario) – Ruth Alonso Martínez.

 

Criterios de evaluación
Se exigirá la asistencia de al menos el 80% de las sesiones presenciales/online.

Al finalizar el curso, se llevará a cabo una prueba de carácter teórico-práctico con objeto de valorar los conocimientos adquiridos por los alumnos.

Director/es
  • Ruth Alonso Martínez. Responsable Administrativo y de Formación del Centro de Supercomputación de Castilla y León

  • Juan José Arranz Santos. Profesor. Facultad de Veterinaria. Universidad de León.
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Profesorado/Ponentes
  • Aroa Suárez Vega. Profesora. Facultad de Veterinaria. Universidad de León. Universidad de León.

  • Beatriz Gutiérrez Gil. Profesora. Facultad de Veterinaria. Universidad de León.

  • Cristina Esteban Blanco. Postdoctoral Researcher, Gastrointestinal Genetics Lab, CICbioGUNE

  • Hector Marina García. Residente HVule. Universidad de León.

  • Juan José Arranz Santos. Profesor. Facultad de Veterinaria. Universidad de León.

  • Juan José Gutiérrez González. Universidad de León.
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Colaborador/es
  • Ruth Alonso Martínez. Responsable Administrativo y de Formación del Centro de Supercomputación de Castilla y León

  • Cristina Esteban Blanco. Postdoctoral Researcher, Gastrointestinal Genetics Lab, CICbioGUNE

  • Jesús Lorenzana Campillo. Fundación Centro Supercomputación
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Departamento / Centros Implicados

- Departamento de Producción Animal, Facultad de Veterinaria de León.

- Departamento de Biología Molecular, Facultad de Ciencias Biológicas y  Ambientales de León.

Entidades colaboradoras
  • Fundación Centro de Supercomputación de Castilla y León

  • Universidad de León

  • Gastrointestinal Genetics Lab
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Archivos adjuntos