Competencias:
-Capacidad de establecer
un diseño experimental para el análisis de expresión génica diferencial
utilizando datos del transcriptoma completo mediante técnicas NGS (RNA-Seq).
- Manejo de software libre para el análisis de
RNA-Seq.
- Conocimiento de una pipeline de análisis de
expresión diferencial en experimentos que utilizan RNA-seq.
- Interpretación y representación de los resultados de expresión
diferencial.
Resultados:
Con este curso pretendemos que los estudiantes tengan la capacidad de
analizar e interpretar datos de experimentos RNA-seq. En el curso se trabajará
con datos reales de expresión génica en los que se realizará: el control de
calidad, el alineamiento frente al genoma de referencia, ensamblado,
cuantificación y normalización de la expresión génica, análisis de expresión
diferencial y análisis de enriquecimiento funcional.
10 de julio de 2023-
Seminario de Introducción al uso de la supercomputación aplicado a la
Bioinformática.
Recepción
de Alumnos y Entrega de Documentación.
Inauguración del Curso.
09:00 - 10:00
Introducción acceso a Caléndula - Cristina Esteban Blanco.
- Descripción
técnica de los recursos de Supercomputación de Castilla y León (SCAYLE).
- Infraestructuras de SCAYLE.
- Configuración del superordenador de SCAYLE, Caléndula.
- Estado
actual de la Supercomputación.
- Acceso
remoto a Caléndula.
- Entorno de usuario: Utilización del gestor de
colas y envío de trabajos.
10:00 - 11:00
Introducción al entorno Linux - Cristina Esteban Blanco.
- Carpetas y
ficheros.
- Permisos.
- Comandos
básicos.
- Prácticas sobre Caléndula.
11:00 - 11:20 PAUSA.
11:20 - 14:00 Introducción al entorno Linux (Continuación) - Cristina Esteban
Blanco.
14:00 - 15:30 DESCANSO.
15:30 - 18:30 Introducción al entorno Linux (Continuación) - Cristina Esteban
Blanco.
11 de julio de 2023
09:00 - 11:15 NGS y RNA-Seq Supercomputación - Juan José Arranz Santos.
11:15 - 11:45 PAUSA.
11:45 - 14:00 Control de Calidad y Trimming (FAstQC, otras herramientas
Trimmomatic, etcF.) - Beatriz Gutiérrez Gil.
14:00 - 15:30 DESCANSO.
15:30 - 18:30 Alineamiento de lecturas (Star) y visualización (IGV) -
Beatriz Gutiérrez Gil.
12 de julio de 2023
09:00 - 11:15 Manipulación de secuencias (SamTools) - Beatriz Gutiérrez
Gil.
11:15 - 11:45 PAUSA.
11:45 - 14:00 Transcript
assembly (Stringtie) - Aroa Suárez Vega.
1 4:00 - 15:30 DESCANSO.
15:30 - 18:30 Cuantificación de lecturas (RSEM y HTSeq) - Aroa Suárez
Vega.
13 de julio de 2023
09:00 - 11:15 Introducción a R y Bioconductor. Toma de contacto – Pablo Augusto de Souza Fonseca.
11:15 - 11:45 PAUSA.
11:45 - 14:00 Análisis de expresión diferencial de RNAseq. Introducción
Aroa Suárez Vega.
14:00 - 15:30 DESCANSO.
15:30 - 18:30 Análisis de expresión diferencial de RNAseq: - Aroa Suárez
Vega.
-Programas en R: Práctica con DESeq2.
14 de julio de 2023
09:00 - 09:55 Introducción a las anotaciones funcionales - Pablo Augusto de Souza Fonseca.
09:55 - 10:50 Bases de datos y ontologías para anotación funcional
(KEGG, GO, INTERPRO) - Pablo Augusto de Souza Fonseca.
10:50 - 11:05 PAUSA.
11:05 - 12:00 Análisis de enriquecimiento funcional. - Aroa Suárez Vega.
12:00 - 12:55 Redes funcionales - Aroa Suárez Vega.
12:55 - 13:00 Clausura del curso.
13:00
Visita al Superordenador Caléndula (voluntario) – Ruth Alonso Martínez.
