Curso práctico de Iniciación al uso de la supercomputación aplicado al análisis de datos RNA-Seq. 7 ª edición 

08/07/2024
Tipo
Curso de verano.
Estado
En fase de matrícula.
Plazas
20
Fecha de inicio
08/07/2024
Fecha de finalización
12/07/2024
Horarios
• Lunes a jueves, 9:00 a 14:00 y 15:30 a 18:30 horas. • Viernes de 9:00 a 13:00 horas.

Duración
36 horas
Destinatarios
El curso está dirigido a investigadores interesados en estudios genómicos, a profesionales del sector de las Ciencias Computacionales, Biología y/o Biotecnología relacionados con el diagnóstico genético y a Alumnos Universitarios (titulaciones técnicas del ámbito experimental y/o económico) de posgrado y, en general, cualquier persona afín a la temática tanto en la dimensión de la investigación, como de la innovación y el desarrollo.

Reconocimiento de créditos
ECTS:1,8
Lugar y aulas de impartición

Aula de formación de SCAYLE
Tasas de matrícula
  • Ordinaria:450 €
  • Alumnos ULE:350 €
  • Desempleados:350 €
Observaciones a las tasas:
Los alumnos de la ULE deberán acreditar dicha condición para tener derecho a la reducción de las tasas mediante la presentación de copia del carnet universitario. Los alumnos en desempleo deberán acreditar dicha condición para tener derecho a la reducción de las tasas mediante la presentación de copia de la tarjeta del paro. El alojamiento/comidas no están incluidas dentro del precio del curso. - Sin embargo, se ofrece la posibilidad de alojamiento en el Aparthotel Exe Campus San Mames situado al lado del Campus Vegazana dónde tienen lugar las charlas del curso. Ésta es su web: http://www.execampussanmames.com. Realizar las reservas a través del e-mail: info@execampussanmames.com indicando la Referencia SCAYLE para obtener un descuento 10% (sobre la tarifa de venta) en los servicios de Alojamiento o alojamiento y desayuno, Garaje free, y Menaje incluido.
Objetivos

Proporcionar una formación básica para el manejo e interpretación de datos de expresión génica global procedentes de Next Generation Sequencing (RNA-Seq).

Explicar las bases teóricas de la generación de los datos y del proceso de análisis.

Trabajar con datos reales de expresión génica en los que se realizará: el control de calidad, el alineamiento frente al genoma de referencia, ensamblado, cuantificación y normalización de la expresión génica, análisis de expresión diferencial y análisis de enriquecimiento funcional.



Competencias y resultados de aprendizaje

-     Capacidad de establecer un diseño experimental para el análisis de expresión génica diferencial utilizando datos del transcriptoma completo mediante técnicas NGS (RNA-Seq).

-        Manejo de software libre para el análisis de RNA-Seq.

-   Conocimiento de una pipeline de análisis de expresión diferencial en experimentos que utilizan RNA-seq.

-      Interpretación y representación de los resultados de expresión diferencial.

Programa

8 de julio de 2024- Seminario de Introducción al uso de la supercomputación aplicado a la Bioinformática

 

Recepción de Alumnos y Entrega de Documentación

Inauguración del Curso

 

09:00 - 10:00 Introducción acceso a Caléndula - Cristina Esteban Blanco.

- Descripción técnica de los recursos de Supercomputación de Castilla y León (SCAYLE).

- Infraestructuras de SCAYLE.

- Configuración del superordenador de SCAYLE, Caléndula.

- Estado actual de la Supercomputación.

- Acceso remoto a Caléndula.

- Entorno de usuario: Utilización del gestor de colas y envío de trabajos.

10:00 - 11:00 Introducción al entorno Linux - Cristina Esteban Blanco.

- Carpetas y ficheros.

- Permisos.

- Comandos básicos.

- Prácticas sobre Caléndula.

11:00 - 11:20 PAUSA.

11:20 - 14:00 Introducción al entorno Linux (Continuación) - Cristina Esteban Blanco.

14:00 - 15:30 DESCANSO.

15:30 - 18:30 Introducción al entorno Linux (Continuación) - Cristina Esteban Blanco.

 

9 de julio de 2024

09:00 - 11:15 NGS y RNA-Seq Supercomputación - Juan José Arranz Santos.

11:15 - 11:45 PAUSA.

11:45 - 14:00 Control de Calidad y Trimming (FAstQC, otras herramientas Trimmomatic, etcF.) – Beatriz Gutiérrez Gil.

14:00 - 15:30 DESCANSO.

15:30 - 18:30 Alineamiento de lecturas (Star) y visualización (IGV) - Beatriz Gutiérrez Gil.

 

10 de julio de 2024

09:00 - 11:15 Manipulación de secuencias (SamTools) - Beatriz Gutiérrez Gil.

11:15 - 11:45 PAUSA.

11:45 - 14:00 Transcript assembly (Stringtie) - Aroa Suárez Vega.

1 4:00 - 15:30 DESCANSO.

15:30 - 18:30 Cuantificación de lecturas (RSEM y HTSeq) - Aroa Suárez Vega.

 

11 de julio de 2024

09:00 - 11:15 Introducción a R y Bioconductor. Toma de contacto – Pablo Augusto de Souza Fonseca.

11:15 - 11:45 PAUSA.

11:45 - 14:00 Análisis de expresión diferencial de RNAseq. Introducción Aroa Suárez Vega.

14:00 - 15:30 DESCANSO.

15:30 - 18:30 Análisis de expresión diferencial de RNAseq. Programas en R: práctica con DESeq2 - Aroa Suárez Vega.

 

12 de julio de 2024

09:00 - 09:55 Introducción a las anotaciones funcionales - Pablo Augusto de Souza Fonseca.

09:55 - 10:50 Bases de datos y ontologías para anotación funcional (KEGG, GO, INTERPRO) - Pablo Augusto de Souza Fonseca.

10:50 - 11:05 PAUSA.

11:05 - 12:00 Análisis de enriquecimiento funcional. - Aroa Suárez Vega

12:00 - 12:55 Redes funcionales.

12:55 Clausura del curso.

13:00 Visita SCAYLE

Criterios de evaluación
Se exigirá la asistencia de al menos el 80% de las sesiones presenciales/online.

Se exigirá la asistencia de al menos el 80% de las sesiones presenciales/online.

 Al finalizar el curso, se llevará a cabo una prueba de carácter teórico-práctico con objeto de valorar los conocimientos adquiridos por los alumnos.

Director/es
  • Ruth Alonso Martínez. Responsable Administrativo y de Formación del Centro de Supercomputación de Castilla y León

  • Juan José Arranz Santos. Profesor. Facultad de Veterinaria. Universidad de León.
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Profesorado/Ponentes
  • Aroa Suárez Vega. Profesora. Facultad de Veterinaria. Universidad de León. Universidad de León.

  • Beatriz Gutiérrez Gil. Profesora. Facultad de Veterinaria. Universidad de León.

  • Cristina Esteban Blanco. Fundación Centro de Supercomputación de Castilla y León

  • Pablo Augusto de Souza Fonseca. Investigador. Facultad de Veterinaria. Universidad de León.

  • Juan José Arranz Santos. Profesor. Facultad de Veterinaria. Universidad de León.
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Departamento / Centros Implicados
Aroa Suárez Vega. Departamento de Producción Animal, Facultad de Veterinaria de León, León, España.
Beatriz Gutiérrez Gil. Departamento de Producción Animal, Facultad de Veterinaria de León, León, España.
Cristina Esteban Blanco. SCAYLE Supercomputación de Castilla y León.
Juan José Arranz Santos.Departamento de Producción Animal, Facultad de Veterinaria de León, España.
Pablo Augusto de Souza Fonseca. Departamento de Producción Animal, Facultad de Veterinaria de León, España.

Entidades colaboradoras
  • Universidad de León

  • SCAYLE-Supercomputación de Castilla y León
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