1. Introducción a la genómica, metataxonomía y metagenómica.
2. Conceptos básicos de resistoma y elementos genéticos móviles.
3. Ejemplos de aplicaciones prácticas de caracterización de
resistoma en datos genómicos y metagenómicos.
4. Ejemplos de aplicaciones prácticas de caracterización
taxonómica de microbiomas mediante metataxonomía y metagenómica.
5. Ejercicio práctico
de análisis de resistoma en genomas. microbianos:
·
Descarga de genomas
ensamblados de repositorios públicos.
·
Descarga de metadatos de los
genomas descargados.
·
Filtrado y ensamblaje de
lecturas de secuenciación.
·
Asignación taxonómica.
·
Análisis de elementos
genéticos móviles.
·
Detección de genes de
resistencia a los antibióticos. y mutaciones que confieran resistencia a
antibióticos.
·
Localización genómica de los
genes de resistencia (cromosoma, plásmido, integrón u otro tipo de elemento
genético móvil).
6. Ejercicio práctico
de análisis de datos de metataxonomía:
·
Control de calidad de secuencias para el análisis de metagenomas.
·
Caracterización taxonómica.
7. Ejercicio práctico
de análisis de resistoma en metagenomas:
·
Control de calidad de secuencias para el análisis de metagenomas.
·
Caracterización taxonómica de metagenomas.
·
Ensamblaje y anotación de metagenomas.
·
Detección de genes de resistencia a los antibióticos en
metagenomas.
·
Análisis de elementos genéticos móviles en metagenomas.
8. Ejercicio práctico de
análisis y representación de resultados usando R.
·
Conceptos básicos y empleo de Machine Learning para detección de
marcadores moleculares.
·
Representación de resultados: boxplot, barplot y otras
visualizaciones del paquete ggplot.
