Taller teórico-práctico de genómica, metataxonomía y metagenómica 

Tipo
Curso de verano.
Estado
Completo.
Plazas
28
Fecha de inicio
17/06/2024
Fecha de finalización
21/06/2024
Horarios
Mañanas de 9:00 a 14:30 (media hora de pausa para el café)

Duración
25 horas
Destinatarios
Investigadores predoctorales y postdoctorales que estén realizando o vayan a realizar tareas de investigación que impliquen análisis de datos genómicos, metataxonómicos o metagenómicos.

Reconocimiento de créditos
ECTS:1,2
Lugar y aulas de impartición
CRAI-TIC
Aula 110
Tasas de matrícula
  • Ordinaria:80 €
  • Alumnos ULE:70 €
  • Alumnos de otras universidades:70 €
  • Desempleados:70 €
Objetivos
  • Conocer las principales aplicaciones de las técnicas genómicas y metagenómicas para la detección de genes de resistencia a antibióticos
  • Conocer los diferentes usos y aplicaciones, incluyendo ventajas e inconvenientes, de metataxonomía y metagenómica para caracterizar microbiomas

  • Conocer las principales herramientas bioinformáticas disponibles para la realización de estudios de resistoma en genomas y metagenomas

  • Conocer las principales herramientas bioinformáticas disponibles para la realización de estudios taxonómicos mediante metataxonomía y metagenómica



Competencias y resultados de aprendizaje

Competencias:

  • Diseñar estudios de resistoma en datos genómicos y metagenómicos

  • Diseñar estudios taxonómicos mediante metataxonomía y metagenómica

  • Utilizar las principales herramientas bioinformáticas disponibles para la realización de estudios de resistoma en datos genómicos y metagenómicos

  • Utilizar las principales herramientas bioinformáticas disponibles para la realización de estudios taxonómicos mediante metataxonomía y metagenómica



Programa

1. Introducción a la genómica, metataxonomía y metagenómica.

2. Conceptos básicos de resistoma y elementos genéticos móviles.

3. Ejemplos de aplicaciones prácticas de caracterización de resistoma en datos genómicos y metagenómicos.

4. Ejemplos de aplicaciones prácticas de caracterización taxonómica de microbiomas mediante metataxonomía y metagenómica.

5. Ejercicio práctico de análisis de resistoma en genomas. microbianos:

·        Descarga de genomas ensamblados de repositorios públicos.

·        Descarga de metadatos de los genomas descargados.

·        Filtrado y ensamblaje de lecturas de secuenciación.

·        Asignación taxonómica.

·        Análisis de elementos genéticos móviles.

·        Detección de genes de resistencia a los antibióticos. y mutaciones que confieran resistencia a antibióticos.

·        Localización genómica de los genes de resistencia (cromosoma, plásmido, integrón u otro tipo de elemento genético móvil).

6. Ejercicio práctico de análisis de datos de metataxonomía:

·        Control de calidad de secuencias para el análisis de metagenomas.

·        Caracterización taxonómica.

7. Ejercicio práctico de análisis de resistoma en metagenomas:

·        Control de calidad de secuencias para el análisis de metagenomas.

·        Caracterización taxonómica de metagenomas.

·        Ensamblaje y anotación de metagenomas.

·        Detección de genes de resistencia a los antibióticos en metagenomas.

·        Análisis de elementos genéticos móviles en metagenomas.

8. Ejercicio práctico de análisis y representación de resultados usando R.

·        Conceptos básicos y empleo de Machine Learning para detección de marcadores moleculares.

·        Representación de resultados: boxplot, barplot y otras visualizaciones del paquete ggplot.



Criterios de evaluación
Se exigirá la asistencia de al menos el 80% de las sesiones presenciales/online.

Se exigirá la asistencia de al menos el 80% de las sesiones presenciales, pero se aconseja asistir al 100% de las sesiones para tener un visión completa de los problemas abordados y las herramientas bioinformáticas disponibles. Evaluación continua de las tareas prácticas realizadas en el aula.



Director/es
  • José Francisco Cobo Díaz. Profesor. Facultad de Veterinaria. Universidad de León.
Profesorado/Ponentes
  • María de Toro Hernando. Responsable de la Plataforma de Genómica y Bioinformática. Centro de Investigación Biomédica de la Rioja (CIBIR)

  • Carlos Sabater Sánchez. Investigador postdoctoral. Grupo Microhealth. Departamento de Microbiología y Bioquímica de Productos Lácteos. Instituto de Productos de Asturias (IPLA-CSIC)

  • Narciso Martín Quijada. Investigador postdoctoral. Departamento de Microbiología y Genética. Instituto de Investigación en Agrobiotecnología (CIALE). Universidad de Salamanca

  • Elena Fernández Trapote. Investigadora pre-doctoral. Facultad de Veterinaria. Universidad de León.

  • Antonio José Fernández González. Investigador postdoctoral. Grupo de Microbiología de Ecosistemas Ambientales. Departamento de Microbiología del Suelo y de la Planta. Estación Experimental del Zaidín (EEZ-CSIC)

  • José Francisco Cobo Díaz. Profesor. Facultad de Veterinaria. Universidad de León.
Departamento / Centros Implicados

Departamento de Higiene y Tecnología de los Alimentos, Facultad de Veterinaria, Universidad de León.

Plataforma de Genómica y Bioinformática. Centro de investigación Biomédica de La Rioja (CIBIR)

Departamento de Microbiología y Genética, Instituto de Investigación en Agrobiotecnología (CIALE), Universidad de Salamanca (USAL)

Grupo Microhealth, Departamento de Microbiología y Bioquímica de Productos Lácteos, Instituto de Productos Lácteos de Asturias (IPLA-CSIC)

Departamento de Microbiología del Suelo y de la Planta, Estación Experimental del Zaidín (EEZ-CSIC)



Entidades colaboradoras
  • Universidad de León

  • Plataforma de Genómica y Bioinformática. Centro de investigación Biomédica de La Rioja (CIBIR)

  • Departamento de Microbiología y Genética,Instituto de Investigación en Agrobiotecnología (CIALE)USAL

  • Grupo Microhealth, Departamento de Microbiología y Bioquímica de Productos Lácteos, Instituto de P

  • Departamento de Microbiología del Suelo y de la Planta. Estación Experimental del Zaidín (EEZ-CSIC)

  • Newtec

  • Instituto de Productos Lácteos de Asturias
Archivos adjuntos