• Ordinaria:450 €
• Alumnos ULE:350 €
• Desempleados:350 €

Proporcionar una formación básica para el manejo e interpretación de datos de expresión génica global procedentes de Next Generation Sequencing (RNA-Seq).

Explicar las bases teóricas de la generación de los datos y del proceso de análisis.

Trabajar con datos reales de expresión génica en los que se realizará: el control de calidad, el alineamiento frente al genoma de referencia, ensamblado, cuantificación y normalización de la expresión génica, análisis de expresión diferencial y análisis de enriquecimiento funcional.

-     Capacidad de establecer un diseño experimental para el análisis de expresión génica diferencial utilizando datos del transcriptoma completo mediante técnicas NGS (RNA-Seq).

-        Manejo de software libre para el análisis de RNA-Seq.

-   Conocimiento de una pipeline de análisis de expresión diferencial en experimentos que utilizan RNA-seq.

-      Interpretación y representación de los resultados de expresión diferencial.

8 de julio de 2024- Seminario de Introducción al uso de la supercomputación aplicado a la Bioinformática

Recepción de Alumnos y Entrega de Documentación

Inauguración del Curso

09:00 - 10:00 Introducción acceso a Caléndula - Cristina Esteban Blanco.

- Descripción técnica de los recursos de Supercomputación de Castilla y León (SCAYLE).

- Infraestructuras de SCAYLE.

- Configuración del superordenador de SCAYLE, Caléndula.

- Estado actual de la Supercomputación.

- Acceso remoto a Caléndula.

- Entorno de usuario: Utilización del gestor de colas y envío de trabajos.

10:00 - 11:00 Introducción al entorno Linux - Cristina Esteban Blanco.

- Carpetas y ficheros.

- Permisos.

- Comandos básicos.

- Prácticas sobre Caléndula.

11:00 - 11:20 PAUSA.

11:20 - 14:00 Introducción al entorno Linux (Continuación) - Cristina Esteban Blanco.

14:00 - 15:30 DESCANSO.

15:30 - 18:30 Introducción al entorno Linux (Continuación) - Cristina Esteban Blanco.

9 de julio de 2024

09:00 - 11:15 NGS y RNA-Seq Supercomputación - Juan José Arranz Santos.

11:15 - 11:45 PAUSA.

11:45 - 14:00 Control de Calidad y Trimming (FAstQC, otras herramientas Trimmomatic, etcF.) – Beatriz Gutiérrez Gil.

14:00 - 15:30 DESCANSO.

15:30 - 18:30 Alineamiento de lecturas (Star) y visualización (IGV) - Beatriz Gutiérrez Gil.

10 de julio de 2024

09:00 - 11:15 Manipulación de secuencias (SamTools) - Beatriz Gutiérrez Gil.

11:15 - 11:45 PAUSA.

11:45 - 14:00 Transcript assembly (Stringtie) - Aroa Suárez Vega.

1 4:00 - 15:30 DESCANSO.

15:30 - 18:30 Cuantificación de lecturas (RSEM y HTSeq) - Aroa Suárez Vega.

11 de julio de 2024

09:00 - 11:15 Introducción a R y Bioconductor. Toma de contacto – Pablo Augusto de Souza Fonseca.

11:15 - 11:45 PAUSA.

11:45 - 14:00 Análisis de expresión diferencial de RNAseq. Introducción Aroa Suárez Vega.

14:00 - 15:30 DESCANSO.

15:30 - 18:30 Análisis de expresión diferencial de RNAseq. Programas en R: práctica con DESeq2 - Aroa Suárez Vega.

12 de julio de 2024

09:00 - 09:55 Introducción a las anotaciones funcionales - Pablo Augusto de Souza Fonseca.

09:55 - 10:50 Bases de datos y ontologías para anotación funcional (KEGG, GO, INTERPRO) - Pablo Augusto de Souza Fonseca.

10:50 - 11:05 PAUSA.

11:05 - 12:00 Análisis de enriquecimiento funcional. - Aroa Suárez Vega

Se exigirá la asistencia de al menos el 80% de las sesiones presenciales/online.

 Al finalizar el curso, se llevará a cabo una prueba de carácter teórico-práctico con objeto de valorar los conocimientos adquiridos por los alumnos.