• Conocer las principales aplicaciones de las técnicas genómicas y metagenómicas para la detección de genes de resistencia a antibióticos
• Conocer los diferentes usos y aplicaciones, incluyendo ventajas e inconvenientes, de metataxonomía y metagenómica para caracterizar microbiomas
• Conocer las principales herramientas bioinformáticas disponibles para la realización de estudios de resistoma en genomas y metagenomas
• Conocer las principales herramientas bioinformáticas disponibles para la realización de estudios taxonómicos mediante metataxonomía y metagenómica
  

•  Diseñar estudios de resistoma en datos genómicos y metagenómicos
• Diseñar estudios taxonómicos mediante metataxonomía y metagenómica
• Utilizar las principales herramientas bioinformáticas disponibles para la realización de estudios de resistoma en datos genómicos y metagenómicos
• Utilizar las principales herramientas bioinformáticas disponibles para la realización de estudios taxonómicos mediante metataxonomía y metagenómica
  

Lunes 30 de junio – Introducción a Linux y Secuenciación

9:00-10:00 Presentación Curso y Profesores (José Francisco Cobo Díaz)

10:00-11:00 Conceptos básicos de genómica: Illumina vs. Nanopore (María de Toro Hernando)

11:30-12:30 Introducción Básica a Linux (Narciso Martín Quijada)

12:30-13:30 Introducción Básica a Linux (Narciso Martín Quijada)

13:30-14:30 Limpieza de lecturas genómicas (Illumina vs. Nanopore) (Elena Fernández Trapote)

Martes 1 de Julio – Genómica – Nanopore

9:00-10:00 Ensamblaje de genomas y Asignación taxonómica (Illumina y Nanopore) ((Elena Fernández Trapote)

10:00-11:00 Anotación de genomas (Bakta) (María de Toro Hernando)

11:30-12:30 Anotación de genomas (Bakta) (María de Toro Hernando)

12:30-13:30 Análisis de elementos genéticos móviles (María de Toro Hernando)

13:30-14:30 Análisis genómico de resistoma y viruloma (y uso de base de datos propias) Ploteo en Clinker (María de Toro Hernando)

Miércoles 2 de julio – Metataxonomía – Illumina

9:00-10:00 Metataxonomía y Metagenómica: Ventajas e Inconvenientes (José Francisco Cobo Díaz)

10:00-11:00 Introducción a R (Carlos Sabater Sánchez)

11:30-12:30 Pipeline Metataxonomía (Carlos Sabater Sánchez)

12:30-13:30 Pipeline Metataxonomía (Carlos Sabater Sánchez)

13:30-14:30 Ploteo en R de datos metataxonómicos: Boxplot, PcoA, barplot (José Francisco Cobo Díaz)

Jueves 3 de julio – Metagenómica - Illumina

9:00-10:00 Pipeline Metagenómica (profiling + assembly-based) (Narciso Martín Quijada)

10:00-11:00 Pipeline Metagenómica (profiling + assembly-based) (Narciso Martín Quijada)

11:30-12:30 Resistoma y mobiloma en metagenomas (Narciso Martín Quijada)

12:30-13:30 Resistoma y mobiloma en metagenomas ((Elena Fernández Trapote)

13:30-14:30 Reconstrucción filogenética de MAGs (José Francisco Cobo Díaz)

Viernes 4 de julio – Visualización de datos con R

9:00-10:00 Machine Learning para Búsqueda de marcadores moleculares (Carlos Sabater Sánchez)

10:00-11:00 Machine Learning para Búsqueda de marcadores moleculares (Carlos Sabater Sánchez)

11:30-12:30 Data mining en R y High-quality plots en R ((Elena Fernández Trapote)

12:30-13:30 Data mining en R y High-quality plots en R ((Elena Fernández Trapote)

13:30-14:30 Mesa redonda (José Francisco Cobo Díaz)

Se exigirá la asistencia de al menos el 80% de las sesiones presenciales, pero se aconseja asistir al 100% de las sesiones para tener un visión completa de los problemas abordados y las herramientas bioinformáticas disponibles. Evaluación continua de las tareas prácticas realizadas en el aula.

Departamento de Higiene y Tecnología de los Alimentos, Facultad de Veterinaria, Universidad de León.

Plataforma de Genómica y Bioinformática. Centro de investigación Biomédica de La Rioja (CIBIR)

Unidad de Bioinformática y Ciencia de Datos. Instituto de Biología Funcional y Genómica (IBFG-CSIC-USAL)

Rowett Institute, University of Aberdeen, Foresterhill, Aberdeen, UK.