Proporcionar una formación básica para el manejo e interpretación de datos de expresión génica global procedentes de Next Generation Sequencing (RNA-Seq).

Explicar las bases teóricas de la generación de los datos y del proceso de análisis.

Trabajar con datos reales de expresión génica en los que se realizará: el control de calidad, el alineamiento frente al genoma de referencia, ensamblado, cuantificación y normalización de la expresión génica, análisis de expresión diferencial y análisis de enriquecimiento funcional.

Competencias:

-Capacidad de establecer un diseño experimental para el análisis de expresión génica diferencial utilizando datos del transcriptoma completo mediante técnicas NGS (RNA-Seq).

-Manejo de software libre para el análisis de RNA-Seq.

- Conocimiento de una pipeline de análisis de expresión diferencial en experimentos que utilizan RNA-seq.

-Interpretación y representación de los resultados de expresión diferencial.

Resultados:

Con este curso pretendemos que los estudiantes tengan la capacidad de analizar e interpretar datos de experimentos RNA-seq. En el curso se trabajará con datos reales de expresión génica en los que se realizará: el control de calidad, el alineamiento frente al genoma de referencia, ensamblado, cuantificación y normalización de la expresión génica, análisis de expresión diferencial y análisis de enriquecimiento funcional.

30 de junio de 2025

Seminario de Introducción al uso de la supercomputación aplicado a la Bioinformática

Recepción de Alumnos y Entrega de Documentación

Inauguración del Curso

09:00 - 10:00 Introducción acceso a Caléndula - Cristina Esteban Blanco.

- Descripción técnica de los recursos de Supercomputación de Castilla y León (SCAYLE).

- Infraestructuras de SCAYLE.

- Configuración del superordenador de SCAYLE, Caléndula.

- Estado actual de la Supercomputación.

- Acceso remoto a Caléndula.

- Entorno de usuario: Utilización del gestor de colas y envío de trabajos.

10:00 - 11:00 Introducción al entorno Linux - Cristina Esteban Blanco.

- Carpetas y ficheros.

- Permisos.

- Comandos básicos

- Prácticas sobre Caléndula.

11:00 - 11:20 PAUSA.

11:20 - 14:00 Introducción al entorno Linux (Continuación) - Cristina Esteban Blanco.

14:00 - 15:30 DESCANSO.

15:30 - 18:30 Introducción al entorno Linux (Continuación) - Cristina Esteban Blanco.

1 de julio de 2025

09:00 - 11:15 NGS y RNA-Seq Supercomputación - Juan José Arranz Santos.

11:15 - 11:45 PAUSA.

11:45 - 14:00 Control de Calidad y Trimming (FAstQC, otras herramientas Trimmomatic, etcF.) – Beatriz Gutiérrez Gil.

14:00 - 15:30 DESCANSO.

15:30 - 18:30 Alineamiento de lecturas (Star) y visualización (IGV) - Beatriz Gutiérrez Gil.

2 de julio de 2025

09:00 - 11:15 Manipulación de secuencias (SamTools) - Beatriz Gutiérrez Gil.

11:15 - 11:45 PAUSA.

11:45 - 14:00 Transcript assembly (Stringtie) - Aroa Suárez Vega.

14:00 - 15:30 DESCANSO.

15:30 - 18:30 Cuantificación de lecturas (RSEM y HTSeq) - Aroa Suárez Vega.

3 de julio de 2025

09:00 - 11:15 Introducción a R y Bioconductor. Toma de contacto – Pablo Augusto de Souza Fonseca

11:15 - 11:45 PAUSA.

11:45 - 14:00 Análisis de expresión diferencial de RNAseq. Introducción - Aroa Suárez Vega

14:00 - 15:30 DESCANSO.

15:30 - 18:30 Análisis de expresión diferencial de RNAseq: - Aroa Suárez Vega

-Programas en R: Práctica con DESeq2.

4 de julio de 2025

09:00 - 09:55 Introducción a las anotaciones funcionales - Pablo Augusto de Souza Fonseca

09:55 - 10:50 Bases de datos y ontologías para anotación funcional (KEGG, GO, INTERPRO) - Pablo Augusto de Souza Fonseca

10:50 - 11:00 PAUSA.

11:00 - 12:00 Análisis de enriquecimiento funcional. - María Alonso García

12:00 - 13:00 Redes funcionales - María Alonso García 

13:00 Clausura del curso.

Se debe acudir como mínimo al 80% del curso.

Al finalizar el curso, se llevará a cabo una prueba de carácter teórico-práctico con objeto de valorar los conocimientos adquiridos por los alumnos.

Departamento de Producción Animal

SCAYLE