• Conocer las principales aplicaciones de las técnicas genómicas y metagenómicas para la detección de determinados genes de interés.
• Conocer los diferentes usos y aplicaciones, incluyendo ventajas e inconvenientes, de metataxonomía y metagenómica para caracterizar microbiomas.
• Conocer las principales herramientas bioinformáticas disponibles para la realización de estudios de genomas bacterianos y de metagenomas.
  
  

• Diseñar estudios de genómica y metagenómica.
• Utilizar las principales herramientas bioinformáticas disponibles para la realización de estudios de genes funcionales en datos genómicos y metagenómicos.
• Utilizar las principales herramientas bioinformáticas disponibles para la realización de estudios taxonómicos mediante metagenómica.

Martes 7 de Julio:
9:00-10:00 Presentación Curso y Profesores. Conceptos básicos. (José Francisco Cobo Díaz)
10:00-11:00 Tecnologías de secuenciación. Alternativas a la metagenómica (José Francisco Cobo Díaz)
11:00-11:15 PAUSA CAFÉ
11:15-13:00 Limpieza de lecturas genómicas (Illumina vs. Nanopore) (Elena Fernández Trapote)
13:00-14:30 Ensamblaje de genomas y Asignación taxonómica (Illumina y Nanopore) (Guillermo Illán Ortega)

14:30-16:00 PAUSA ALMUERZO

16:00-18:00 Anotación de genomas y comparación de aproximaciones (Narciso Martín Quijada)

Miércoles 8 de Julio:
9:00-11:00 Interpretación de resultados genómicos. Ejemplos reales (resistencia a antimicrobianos). Creación y uso de bases de datos (blast) (Raquel Barbero Herranz)
11:00-11:15 PAUSA CAFÉ
11:15-13:00 Análisis de elementos genéticos móviles (Elena Fernández Trapote)
13:00-14:30 Metataxonomía y Metagenómica: Ventajas e Inconvenientes (José Francisco Cobo Díaz)

14:30-16:00 PAUSA ALMUERZO

16:00-18:00 Pipeline Metagenómica: anotación taxonómica y funcional (Narciso Martín Quijada)

Jueves 9 de Julio:
9:00-11:00 Reconstrucción de MAGs (Guillermo)
11:00-11:15 PAUSA CAFÉ
11:15-13:00 Metodologías para filogenias: ANI tree, cgMLST, árbol basado en rpoB/16SrRNA (José Francisco Cobo Díaz)
13:00-14:30 Ploteo en R de datos genómicos, metagenómicos y árboles filogenéticos (Raquel Barbero Herranz)

Se exigirá la asistencia de al menos el 80% de las sesiones presenciales, pero se aconseja asistir al 100% de las sesiones para tener un visión completa de los problemas abordados y las herramientas bioinformáticas disponibles.


Evaluación continua de las tareas prácticas realizadas en el aula.

• Departamento de Higiene y Tecnología de los Alimentos, Facultad de Veterinaria, Universidad de León.
• Instituto de Biología Funcional y Genómica (IBFG, CSIC-USAL).